کشاورزی خود یکی از عوامل حفظ تنوع زیستی است .در هرسیستم کشاورزی تنوع زیستی به اجرا در می آید این کارها مانند بازیافت مواد زاید، کنترل شرایط اقلیمی و بافر کردن فرآیندهای آبیاری است .در سیستم های کشاورزی انسان ها با آوردن نهاده های خارجی در این اکوسیستم دخالت می کنند مانند استفاده از آفت کش های شیمیایی و کودهای شیمیایی.
تنوع زیستی کشاورزی در حال حاضر درحد بحرانی است . در حال حاضر فقط کمتر از 70 گونه گیاه در بیش از 1300 میلیون هکتار در جهان کشت می گردد و فقط گونه های کمی از انواع گیاهان مورد پرورش هستند. در آمریکا 60-70 % لوبیاهای کاشته شده فقط از 3 گونه استفاده می شود.
سازمان خواروبار جهانی ملل متحده تخمین زده که 75 % تنوع ژنتیکی محصولات کشاورزی در خیلی از گیاهان بومی از مناطق اصلی خود از بین رفته اند.
چگونه کشاورزی ارگانیک می تواند باعث پیشرفت و توسعه تنوع زیستی گردد؟
با احترام گذاشتن به ظرفیت طبیعی خاک ، گیاه، حیوانات و اکوسیستم کشاورزی ارگانیک می تواند به حفظ تنوع زیستی کمک کند.
در این نوع کشاورزی با استفاده از عملکردهای اکولوژیکی طبیعی می توان تولید را افزایش داده و در برابر آفات و بیماریها مقاوم نمود. کودهای سنتز شده ، ارگانیسم های اصلاح ژنتیک شده و آفت کش ها اثر منفی بر روی تنوع زیستی و سلامتی دارند و در این نوع کشاورزی استفاده از آنها ممنوع است.